双胍类降糖药最常见的副作用主要体现在胃肠道方面，多在用药初期出现，一般持续时间较短，但也有个体差异。
胃肠道不适
常见表现为恶心、呕吐、腹泻、腹痛等。这是因为双胍类药物会刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道正常的消化吸收功能。比如部分患者服用后会感觉胃部不适，食欲下降，进而出现恶心症状，有的还会有腹部隐痛并伴随腹泻情况。
乳酸酸中毒风险
虽然较为罕见，但也需重视。双胍类药物主要经肾脏排泄，当肾功能不全时，药物容易在体内蓄积，可能导致乳酸堆积，引发乳酸酸中毒。尤其是老年患者，本身肾功能可能随年龄下降，更要密切关注，若出现乏力、呼吸深快等疑似乳酸酸中毒表现需及时就医。
维生素B₁₂吸收障碍
长期服用双胍类降糖药可能影响维生素B₁₂的吸收。维生素B₁₂缺乏可能会引起贫血、神经系统症状等。对于长期用药的患者，需要注意监测维生素B₁₂水平，必要时可适当补充。
低血糖风险
单独使用双胍类降糖药时，一般不会引起低血糖，但与其他降糖药物联用时，可能增加低血糖发生的风险。比如与胰岛素或促胰岛素分泌剂联用时，就需要格外留意血糖变化，尤其是老年患者或生活方式不规律的患者，更要加强血糖监测。