雌激素偏低可能由多种原因引起。一般来说，女性随着年龄增长，尤其是40岁以后，雌激素水平会逐渐下降，这是自然的生理变化过程。
生理因素导致雌激素偏低
年龄因素： 女性在围绝经期（通常45~55岁），卵巢功能开始衰退，雌激素分泌减少，这是常见的导致雌激素偏低的原因。比如，45岁以上的女性，卵巢储备功能下降，雌激素水平会明显降低。妊娠与哺乳： 妊娠期女性的雌激素会升高来支持胎儿发育，但产后如果哺乳，身体的激素调节会使雌激素水平相对偏低，不过这一般是短期的生理现象，停止哺乳后可能会逐渐恢复。
疾病因素引发雌激素偏低
内分泌疾病： 像多囊卵巢综合征，患者体内激素失衡，雄激素水平升高，会抑制雌激素的正常分泌，导致雌激素偏低。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而使雌激素分泌减少。卵巢疾病： 卵巢功能早衰是指女性在40岁以前卵巢功能丧失，雌激素分泌大幅降低。另外，卵巢手术切除部分或全部卵巢组织后，也会导致雌激素分泌减少，例如因卵巢肿瘤进行了卵巢部分切除手术的患者。
生活方式影响雌激素偏低
饮食不均衡： 长期挑食、节食，尤其是缺乏富含植物雌激素的食物（如豆制品）以及蛋白质等营养物质摄入，会影响雌激素的合成。比如长期素食且不补充其他营养的女性，可能雌激素水平容易偏低。过度减肥： 过度节食减肥会使身体脂肪含量过低，而脂肪是合成雌激素的原料之一，脂肪不足会导致雌激素合成减少。一般体重指数过低（BMI<18.5）的人群，雌激素偏低的风险相对较高。不良作息： 长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常调节，进而影响雌激素的分泌。经常熬夜的人，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能可能受到干扰，导致雌激素水平偏低。