复杂性肛瘘治疗方法主要有手术治疗和术后护理等方面。一般来说，复杂性肛瘘多需通过手术来解决，手术方式有多种。
手术治疗方式
挂线疗法： 这是治疗复杂性肛瘘常用的方法之一。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。通常需要10 - 14天左右能切开瘘管，对括约肌的损伤较小，能较好地保护肛门功能。瘘管切开术： 适用于低位复杂性肛瘘。将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。但高位复杂性肛瘘一般不直接采用这种方法，以免造成肛门失禁。肛瘘切除术： 对于瘘管周围组织纤维化明显的复杂性肛瘘可考虑此术式。将瘘管及其周围病变组织一并切除，创面直接缝合或部分缝合，使伤口一期愈合。不过要注意切除范围，避免损伤过多肛门括约肌影响功能。
术后护理要点
创面清洁： 术后要保持创面清洁，每天需用温水坐浴，一般建议早晚各坐浴一次，每次15 - 20分钟。坐浴可以清洁创面，促进血液循环，有利于创面愈合。饮食调整： 患者术后饮食要注意，应多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜（芹菜、菠菜等）、水果（香蕉、苹果等），保持大便通畅，每天1 - 2次软便为宜。同时要避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物可能会刺激创面，引起疼痛和出血。观察病情： 患者要密切观察创面情况，如有无出血、渗液、红肿等。如果发现创面有异常渗血，出血量较多（如超过50ml）或者红肿疼痛加剧，应及时告知医生进行处理。一般术后创面会有少量渗血，属于正常现象，但如果出血量多则需重视。
康复期注意事项
休息与活动： 术后康复期要注意休息，避免剧烈运动。但也不宜长时间卧床，可适当进行轻度活动，如散步等，一般术后2 - 3天就可逐渐增加活动量，但要避免久坐、久站。按时复诊： 患者要按照医生嘱咐按时复诊，一般术后1 - 2周需要复诊一次，以便医生观察创面愈合情况，及时调整治疗方案。例如，若发现创面有感染迹象，可及时给予抗感染等处理。