大肠杆菌感染时常用的特效药主要有喹诺酮类、头孢菌素类等。一般来说，对于敏感的大肠杆菌感染，可选用相应药物治疗。
喹诺酮类药物
诺氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，可用于肠道、泌尿道等部位的大肠杆菌感染。需要注意的是，18岁以下人群禁用诺氟沙星，因为可能会影响软骨发育。环丙沙星： 对大肠杆菌等革兰阴性菌有较强抗菌活性，作用机制也是抑制细菌DNA合成与复制。它可用于治疗敏感菌引起的尿路感染、肠道感染等由大肠杆菌导致的感染性疾病，但同样不建议18岁以下人群使用。
头孢菌素类药物
头孢曲松： 是第三代头孢菌素，对大肠杆菌等革兰阴性菌有良好抗菌效果。通过与细菌细胞膜上的青霉素结合蛋白结合，阻碍细菌细胞壁合成来杀菌。可用于治疗多种部位的大肠杆菌感染，如呼吸道、泌尿道等感染，但对头孢菌素类药物过敏者禁用。头孢噻肟： 也是第三代头孢菌素，对大肠杆菌等具有抗菌活性，能抑制细菌细胞壁的合成。适用于大肠杆菌引起的败血症、脑膜炎等严重感染情况，不过使用前需询问患者过敏史，有过敏史者谨慎使用。
其他抗菌药物
氨曲南： 是一种单环β-内酰胺类抗生素，对大肠杆菌等革兰阴性菌有抗菌作用，它主要作用于细菌细胞壁，干扰细胞壁合成。对于对青霉素类、头孢菌素类过敏且合并大肠杆菌感染的患者可选用，但使用时要关注患者的过敏情况等。磷霉素： 能抑制细菌细胞壁合成的早期阶段，对大肠杆菌等有一定抗菌活性。可用于轻度至中度的大肠杆菌感染，不过使用时也需要注意可能出现的不良反应，如胃肠道反应等。