肠功能紊乱的症状表现多样，比如常见的有腹痛，大约有50% - 70%的肠功能紊乱患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位不固定，一般在排便前较为明显，排便后会有所缓解。
消化系统症状表现
腹胀： 患者常感觉腹部胀满不适，尤其是在进食后较为明显，可能会持续数小时甚至一整天。一般来说，进食容易产气的食物，像豆类、洋葱等后，腹胀症状可能会加重。腹泻或便秘： 有的患者会出现腹泻，大便次数增多，一天可能会有3 - 5次甚至更多，大便多为稀糊状；而有的患者则表现为便秘，排便困难，每周排便次数少于3次，大便干结。
全身症状表现
疲劳乏力： 部分肠功能紊乱患者会感到全身疲惫，没有力气，这种情况可能会持续较长时间，影响日常生活和工作。一般这种疲劳感在身体休息后也不容易缓解。睡眠障碍： 约有30% - 50%的肠功能紊乱患者会出现睡眠问题，比如入睡困难、多梦、易惊醒等。睡眠不好又会反过来影响肠道功能，形成恶性循环。
精神心理症状表现
焦虑抑郁： 肠功能紊乱患者容易出现焦虑、抑郁情绪。大约有20% - 30%的患者会有不同程度的焦虑症状，表现为紧张、不安、担心等；抑郁症状也较为常见，患者会感觉情绪低落、对事物缺乏兴趣等。情绪易波动： 患者的情绪容易受到外界因素影响而波动较大，比如遇到一点小事就可能变得烦躁、易怒等。而且这种情绪变化又会加重肠道功能紊乱的症状，形成不良循环。