孕酮降低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮降低常见于黄体功能不全，这种情况大约占孕酮降低原因的30%左右。
内分泌系统疾病导致
垂体功能减退： 垂体是调节内分泌的重要器官，如果垂体出现病变，比如垂体肿瘤等，会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的功能，导致孕酮合成减少。垂体功能减退患者中，约有20%会出现孕酮降低的情况。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响孕酮的代谢。甲状腺功能亢进时，机体代谢加快，可能干扰孕酮的正常合成过程；甲状腺功能减退时，激素分泌紊乱，也会波及孕酮水平，大约15%的甲状腺功能异常患者会伴随孕酮降低。
卵巢功能问题引发
卵巢早衰： 女性在40岁以前出现卵巢功能衰退，称为卵巢早衰。此时卵巢合成孕酮的能力下降，据统计，卵巢早衰患者中孕酮降低的比例可达40%以上。患者会出现月经紊乱、潮热等症状，同时孕酮水平持续偏低。多囊卵巢综合征： 这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者卵巢内有多个小卵泡，但不能正常排卵。其内分泌失调会导致孕酮分泌不足，约35%的多囊卵巢综合征患者存在孕酮降低的情况，常表现为月经稀发、不孕等问题。
不良生活方式影响
长期熬夜： 长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律。研究发现，经常熬夜的女性，孕酮水平比作息规律女性低约20%。因为熬夜会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，进而影响孕酮的分泌。过度节食： 过度节食会使身体摄入的营养物质不足，尤其是蛋白质、脂肪等营养缺乏，影响激素的合成原料。当机体处于营养不良状态时，卵巢合成孕酮的能力会下降，一般过度节食持续3个月以上，约有25%的人会出现孕酮降低现象，还可能伴随月经不调等问题。