超声波碎石是治疗泌尿系统结石等疾病的常用方法，但也可能存在一些副作用。一般来说，超声波碎石相对安全，但仍有一定概率出现一些问题。
局部组织损伤方面
肾脏损伤风险：超声波碎石时，可能会对肾脏局部组织造成一定损伤。少数患者可能出现肾实质的微小挫伤，不过大多可自行修复。但如果结石位置特殊，或者碎石次数过多，损伤程度可能加重，不过这种情况较为少见。尿道损伤：在碎石过程中，若操作不当，可能会导致尿道黏膜的轻度损伤，出现尿道疼痛、少量血尿等情况，通常短时间内可恢复。
血尿问题
暂时性血尿：超声波碎石后，多数患者会出现不同程度的血尿。一般在碎石后的1 - 3天内较为明显，这是因为碎石过程中结石与尿路黏膜摩擦导致的。大部分患者的血尿会逐渐减轻并消失，通常不需要特殊处理，但要注意多喝水，促进尿液排出，冲刷尿道。不过也有少数患者血尿可能持续时间较长，需要进一步检查处理。
疼痛相关情况
肾绞痛：部分患者在碎石后可能会出现肾绞痛。这是因为碎石后结石碎片排出过程中刺激尿路引起的。一般可以通过使用止痛药物来缓解，但如果肾绞痛频繁发作且较为剧烈，可能需要调整治疗方案。腰部胀痛：碎石后，患者可能会有腰部的胀痛感，这是由于肾脏内有碎石残留或者局部水肿等原因引起的。胀痛程度因人而异，一般随着结石碎片的排出会逐渐减轻，通常1 - 2周内可缓解。
感染风险
泌尿系统感染：超声波碎石后，有引发泌尿系统感染的可能。因为碎石会对尿路黏膜造成一定损伤，增加了细菌入侵的机会。如果出现发热、尿频、尿急、尿痛等感染症状，需要及时使用抗生素进行治疗。不过通过术前严格的消毒准备以及术后合理使用抗生素等措施，可以降低感染的发生概率。