复方黄柏液相对较为安全，正常使用时副作用较少见，但仍可能存在一些个别情况。
皮肤局部刺激方面
少数人使用复方黄柏液后可能出现皮肤局部的轻微灼热感，这可能与个体对药物成分的敏感差异有关，一般程度较轻，多数人可耐受。
过敏反应情况
极个别过敏体质者可能对复方黄柏液中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒加剧、出现皮疹等，若出现此类情况需立即停用并就医。
特殊人群需注意
孕妇使用时需谨慎，因为目前虽无大量确切数据表明其对胎儿一定有影响，但为安全起见，孕妇使用前应咨询医生，由医生评估利弊后再决定是否使用；儿童由于皮肤屏障等发育尚未完善，使用复方黄柏液时要格外小心，一般不建议自行随意使用，若有需要应在医生指导下，严格按照医嘱谨慎使用，密切观察是否出现异常反应。