亚急性甲状腺炎通常可自愈，一般需2~3个月，少数可持续数月，复发率约10%~20%。针对亚急性甲状腺炎的治疗，主要包括以下几方面：
1.一般治疗：适当休息，发热者给予解热镇痛剂，如阿司匹林、吲哚美辛等，症状较重者可给予泼尼松20~30mg/d，分3~4次口服，能明显缓解症状，8~10天后逐渐减量，维持4~6周。
2.对症治疗：有甲状腺毒症表现者，可给予普萘洛尔等β受体阻滞剂对症处理；发生永久性甲状腺功能减退时，需长期替代治疗。
3.手术治疗：一般不需要手术治疗，当甲状腺内形成脓肿，经抽吸及注射抗生素治疗无效时，可考虑手术将病变腺体切开引流，以利于有效治疗。
患者在治疗期间需要注意休息，补充足够的热量和营养，如蛋白质、糖、维生素等，可适当食用高热量、高维生素、富含蛋白质的食物，避免食用辛辣、刺激性食物，如葱、姜、蒜、花椒、辣椒等。