乙肝目前难以完全治愈，主要是因为乙肝病毒有独特的生存特性。乙肝病毒会整合到宿主肝细胞的基因组中，这使得药物很难彻底清除病毒。据研究发现，乙肝病毒在人体肝细胞内形成共价闭合环状DNA（cccDNA），它就像一个“顽固的模板”，持续不断地转录出病毒RNA，进而产生新的病毒颗粒。
乙肝病毒的存在形式
cccDNA的顽固性： cccDNA非常稳定，一般的抗病毒药物难以对其进行有效清除。它会长期存在于受感染的肝细胞内，不断制造新的乙肝病毒，这就为乙肝的复发埋下了隐患。病毒的变异特性： 乙肝病毒容易发生变异，当病毒发生变异时，现有的抗病毒药物可能就无法精准地抑制病毒复制了。比如在长期使用核苷（酸）类似物治疗过程中，病毒可能会出现耐药相关变异，使得药物对病毒的抑制作用大大减弱。
免疫系统的局限性
免疫耐受状态： 部分乙肝感染者处于免疫耐受状态，此时人体的免疫系统对乙肝病毒没有强烈的免疫清除反应。这就导致病毒能够在体内持续存在而不被有效清除，使得乙肝难以被彻底治愈。例如一些新生儿感染乙肝病毒后，由于免疫系统尚未完全发育成熟，容易进入免疫耐受状态，长期携带病毒。免疫清除的不彻底性： 即使人体免疫系统能够对乙肝病毒进行清除，但往往也不能完全将病毒从体内清除干净。当免疫系统攻击被感染的肝细胞时，可能会造成肝细胞的损伤，而病毒可能依然有部分残留，难以实现彻底治愈。
治疗的复杂性
抗病毒治疗的局限性： 目前的抗病毒药物主要是抑制乙肝病毒的复制，而很难完全清除cccDNA。虽然可以长期抑制病毒复制，使病情处于稳定状态，但要达到彻底治愈，即表面抗原转阴并产生表面抗体，还存在较大难度。比如常用的恩替卡韦等核苷（酸）类似物，能有效抑制病毒复制，但停药后容易复发。个体差异的影响： 不同患者对治疗的反应存在个体差异。一些患者对药物的敏感性较低，治疗效果不佳，这也增加了乙肝彻底治愈的难度。比如有的患者使用抗病毒药物后，病毒载量下降不明显，病情难以得到有效控制，进而影响治愈的可能性。