鼻咽镜检查的痛苦程度因人而异，一般来说大部分人可以耐受，并不会特别痛苦。通常检查时可能会有轻微的不适，比如鼻部酸胀、想打喷嚏等感觉，持续时间较短，大概几秒钟到几分钟。
检查方式影响痛苦程度
普通鼻咽镜检查：
鼻腔黏膜敏感者： 如果受检者鼻腔黏膜比较敏感，在插入鼻咽镜时可能会有较明显的异物感，不过这个过程通常在3 - 5分钟内完成。配合度高者： 受检者如果能很好地配合医生，按照医生要求呼吸、保持头部不动等，不适感会相对减轻。
纤维鼻咽镜检查：
管径较细者： 纤维鼻咽镜管径比较细，一般在0.5 - 1毫米左右，对于鼻腔较窄的人来说，不适感相对普通鼻咽镜会轻一些。检查时间短者： 纤维鼻咽镜检查时间通常较短，大概1 - 2分钟就能完成，所以整体痛苦程度相对较低。
个体差异导致痛苦感受不同
儿童与成人：
儿童： 儿童对鼻咽镜检查的耐受性相对较差，可能会因为害怕、紧张而哭闹，增加检查的难度和不适感。不过现在也有专门针对儿童的小儿型鼻咽镜，管径更细，能一定程度减轻痛苦。成人： 成年人大都能较好地配合检查，相对儿童来说痛苦感受会轻一些，但如果本身有鼻部疾病，如鼻炎、鼻窦炎等，检查时不适感可能会加重。
鼻部基础状况：
鼻部正常者： 如果受检者鼻腔、鼻咽部没有明显的炎症、肿物等异常情况，进行鼻咽镜检查时痛苦程度较低。鼻部有病变者： 若受检者鼻咽部有肿物、炎症比较严重等情况，在插入鼻咽镜时可能会刺激病变部位，导致较明显的疼痛或不适，痛苦程度相对更高。