脑炎后遗症有多种表现，比如约30%的脑炎患者可能会遗留不同程度的认知障碍，表现为记忆力减退、注意力不集中等。
运动功能方面的后遗症
肢体运动障碍：部分患者会出现肢体无力的情况，比如单侧或双侧肢体活动不灵活，严重的可能无法正常行走。还有些患者会有肌张力异常，表现为肢体僵硬或者松软。例如有的患者上肢肌张力增高，弯曲手臂时感觉阻力很大。不自主运动：少数患者会出现不自主的运动，像震颤，手部会不自觉地抖动；或者出现舞蹈样动作，肢体突然出现无目的的快速运动。
认知与精神方面的后遗症
智力减退：有些患者智力会较患病前有所下降，学习新事物的能力变差，计算能力减弱等。比如原本能熟练进行简单算术的患者，现在连10以内的加法都算错。精神异常：可能表现为情绪不稳定，容易激动、烦躁或者抑郁；有的患者会出现人格改变，原本性格温和的人变得脾气暴躁、孤僻等。
语言功能方面的后遗症
言语障碍：部分患者会有言语表达困难，说话含糊不清，难以用准确的词语表达自己的想法；还有的患者存在理解障碍，听不懂别人说的话。比如患者能发出声音，但组成的句子杂乱无章，别人很难理解其要表达的意思。
癫痫发作后遗症
癫痫复发：约20% - 30%的脑炎患者在康复后可能会出现癫痫发作，发作形式多样，有全身性大发作，表现为突然倒地、四肢抽搐、口吐白沫；也有部分性发作，如局部肢体的抽搐等。癫痫发作会对患者的身体和生活造成严重影响，需要长期关注和进行抗癫痫治疗的准备。