发烧好了两天又发烧可能是多种原因导致的。比如感染未彻底控制，像病毒感染后，可能在3 - 5天内有体温反复的情况，病毒在体内未完全清除就会出现这种反复发热现象。
感染性因素导致
细菌感染未清除： 当人体受到细菌感染时，比如肺炎链球菌引起的肺炎，使用抗生素治疗后，可能2 - 3天体温能下降，但如果抗生素使用疗程不够，体内细菌没有被完全杀灭，就容易出现体温再次升高。一般细菌感染需要连续用药3 - 5天甚至更长时间来彻底清除病菌。病毒持续复制： 像流感病毒感染，即使吃了抗病毒药物，病毒在体内可能还会有一定时间的复制过程，在复制过程中就会引发机体免疫反应，导致体温再次上升。流感病毒感染后，体温可能会反复2 - 3天。
非感染性因素导致
自身免疫性疾病活动： 例如幼年特发性关节炎，这是儿童常见的自身免疫性疾病，病情可能会有波动，在病情活动期就会出现发热反复的情况。这种疾病需要长期监测和规范治疗。体温调节中枢功能紊乱： 比如中暑后，体温调节中枢功能受到影响，即使脱离了高温环境，体温调节可能还没有完全恢复正常，也可能出现体温再次升高的情况。在炎热环境中暴露时间较长后，可能会在脱离环境后数小时内出现体温反复。
其他可能情况
再次接触致病源： 比如之前因为受凉感冒发烧好了，但是又再次接触了感冒病毒，就会再次发烧。如果周围有人感冒，没有做好防护，很容易再次被感染而发烧。药物热： 如果在发烧治疗过程中使用了某些药物，可能会引起药物热，表现为用药后体温好转，但是又再次发烧。比如使用抗生素后，少数人会对药物产生过敏反应导致发热反复。