紧急口服避孕药常见的副作用包括恶心呕吐，约有50%左右的人在服用后1-2小时内可能出现恶心症状，其中约20%会发生呕吐，如果在服药后短时间内呕吐，可能需要补服药物。
月经紊乱方面
经期改变： 服用紧急口服避孕药后，多数女性的月经会按时来潮，但也有部分人月经会提前或推迟。一般来说，月经提前或推迟7天内属于常见情况，如果超过10天仍未来潮，需要排查是否怀孕。经量变化： 有的女性服用后经量会减少，也有少数人经量增多。
内分泌影响
激素波动： 紧急口服避孕药含有较高剂量的孕激素，会影响体内激素水平。这种激素波动可能会导致乳房胀痛，大约有30% - 40%的人会出现不同程度的乳房胀痛，一般持续1 - 2天可缓解。情绪改变： 部分女性可能会出现情绪波动，如烦躁、抑郁等，这与药物引起的内分泌变化有关，但通常这种情绪改变在较短时间内会自行恢复。
其他可能副作用
头晕乏力： 约有20% - 30%的人服用后会出现头晕、乏力的症状，一般在服药后的24小时内较为明显，多休息后可逐渐缓解。肠胃不适： 除了恶心呕吐外，还可能出现腹痛、腹泻等肠胃不适症状，不过相对恶心呕吐来说发生率较低，一般程度较轻，不需要特殊处理可自行好转。需要注意的是，紧急口服避孕药不能作为常规避孕方法，一个月经周期内只能服用一次，一年中服用次数也不宜超过3次。如果频繁服用，会增加副作用发生的几率和严重程度，且避孕失败率也会升高。如果在服用后出现严重且持续不缓解的副作用，如剧烈呕吐不止、阴道大量出血等情况，应及时就医。