脑干自上而下分为中脑、脑桥和延髓三个部分，腔隙性脑梗死发生在脑干的不同部位，会产生不同的症状。常见的临床症状有肢体瘫痪，可以表现为腔隙性脑梗死病灶对侧的偏侧肢体瘫，可以伴有同侧的周围性面瘫或者是同侧的眼球运动麻痹，如展神经麻痹或者是动眼神经麻痹，产生眼球的运动障碍，眼球不能外展，或者是内收、上视、下视异常，会产生视物双影的症状。
同时脑干的腔隙性脑梗塞还可以产生球麻痹的表现，具体表现为:声音嘶哑、吞咽费力、饮水呛咳、构音障碍，同时脑干的腔隙脑梗死还会造成头晕、恶心呕吐，会产生眼震，有的是水平眼震或者是旋转眼震，还可以产生交叉性感觉障碍，即表现为同侧面部和对侧偏身肢体的痛觉减退。