抑郁症药物常见的副作用包括胃肠道方面，比如约20%-30%的患者服用抗抑郁药后会出现恶心、呕吐症状，有的还可能食欲减退，影响进食量。
神经系统副作用
头晕嗜睡： 部分患者服用抗抑郁药后会感到头晕，甚至有嗜睡情况，一般刚开始用药时较明显，大约持续1-2周，但也有少数人会持续较长时间。失眠焦虑： 相反，也有患者会出现失眠、焦虑加重的情况，原本的抑郁症状可能没改善甚至更明显。
代谢方面副作用
体重变化： 有些抗抑郁药会影响体重，有的会让体重增加，比如某些三环类抗抑郁药，可能在几周内使体重增加2-5公斤；而有的可能导致体重减轻。血糖血脂异常： 长期服用某些抗抑郁药可能影响血糖、血脂代谢，增加患糖尿病、高血脂的风险，不过这种情况相对少见，但也需要定期监测相关指标。
心血管系统副作用
心率变化： 部分抗抑郁药可能引起心率改变，有的会使心率加快，一般在用药初期较常见，通常心率会在可耐受范围，但如果本身有心血管基础疾病的患者要特别留意。血压波动： 也可能导致血压波动，比如个别患者用药后出现血压升高或降低的情况，需要密切关注血压变化。
其他方面副作用
性功能障碍： 这也是抗抑郁药比较常见的副作用之一，约有20%-40%的患者会出现，表现为勃起功能障碍、性欲减退等，给患者生活带来一定影响。皮肤问题： 少数患者可能出现皮疹等皮肤反应，若出现严重皮疹要及时就医调整用药。