甲状腺药的种类主要包括以下几类：
1.甲状腺激素制剂：
左甲状腺素钠：为人工合成的四碘甲状腺原氨酸钠，适用于先天性甲状腺功能减退症与儿童及成人的各种原因引起的甲状腺功能减退症的长期替代治疗，也可用于单纯性甲状腺肿，慢性淋巴性甲状腺炎，甲状腺癌手术后的抑制（及替代）治疗，也可用于诊断甲状腺功能亢进的抑制试验。
甲状腺片：从猪、牛、羊等的甲状腺中提取的有机碘化物，其主要成分是甲状腺素（T₄）和三碘甲状腺原氨酸（T₃），二者比例为4:1。有促进分解代谢（升热作用）和合成代谢的作用，对人体正常代谢及生长发育有重要影响，对婴幼儿中枢神经的发育甚为重要。
2.抗甲状腺药：
丙硫氧嘧啶：适用于各种类型的甲状腺功能亢进症，尤其适用于病情较轻，甲状腺轻至中度肿大患者；青少年及儿童、老年患者；甲状腺手术后复发，又不适于放射性¹³¹I治疗者；手术前准备；作为¹³¹I放疗的辅助治疗。
甲巯咪唑：适用于各种类型的甲状腺功能亢进症，尤其适用于病情较轻，甲状腺轻至中度肿大的患者；青少年及儿童、老年患者；甲状腺手术后复发，又不适于放射性¹³¹I治疗者；手术前准备；作为¹³¹I放疗的辅助治疗。
3.碘和碘化物：
碘化钾：在碘缺乏病防治中，碘化钾是WHO推荐的一种安全、有效、经济的干预措施，可有效地预防碘缺乏病。碘化钾可用于地方性甲状腺肿的预防与治疗，地方性克汀病病人因碘缺乏而不能合成甲状腺激素，影响中枢神经系统发育，导致聋哑、智力低下及痉挛性瘫痪等，在胎儿和新生儿期缺碘，会导致胎儿发育障碍，出生后死亡率高，即使幸存，也会成为白痴，称地方性克汀病。孕妇缺碘可导致早产、死产、先天畸形儿、先天聋哑儿等，称“碘缺乏病”。
复方碘溶液：为有机碘溶液，用于治疗和预防地方性甲状腺肿，也可用于甲状腺功能亢进手术前准备及甲状腺危象。