肠镜检查一般来说安全性较高，但也可能存在一些相对少见的危害。一般正规操作下，严重并发症发生概率较低，大约在0.1%~0.5%左右。
肠道穿孔风险
操作中可能发生： 在肠镜检查过程中，尤其是对于肠道有病变、肠壁较薄的患者，有极小概率出现肠道穿孔。比如本身有肠道肿瘤导致肠壁薄弱的患者，操作时充气或进镜可能引发穿孔，但通过规范操作可大大降低风险。术后表现： 若发生穿孔，患者会出现剧烈腹痛、腹肌紧张等症状，需及时处理。
出血情况
检查中少量出血常见： 在肠镜下进行活检或息肉切除等操作时，可能会有少量出血，多数情况下能自行停止。一般出血量较少，可能仅表现为大便隐血阳性。严重出血少见： 但也有极个别情况会出现较严重的出血，可能需要通过药物止血、内镜下止血甚至手术等方式处理，不过这种情况发生概率非常低。
感染风险
消毒不规范可能导致： 如果肠镜设备消毒不彻底，理论上存在感染乙肝、丙肝、艾滋病等血源性传染病的风险，但目前正规医疗机构对肠镜的消毒流程非常严格，这种风险极低。检查后感染： 另外，检查后也可能因肠道黏膜受损等情况出现肠道感染，但通过术后合理使用抗生素等措施可有效预防。
肠道损伤及不适
机械性损伤： 进镜过程中可能对肠道黏膜造成轻微擦伤等机械性损伤，一般短时间内可修复。患者可能在检查后短时间内有腹部隐痛、腹胀等不适感觉，多数1~2天可缓解。肠道气体积聚不适： 检查时需要向肠道内充气，部分患者检查后会有腹胀感，一般通过适当活动、排气等可逐渐缓解。