入职体检不合格通常是指体检结果中某些关键指标异常，不符合用人单位所要求的健康标准。例如一些传染性疾病指标异常、重要脏器功能严重异常等情况可能导致不合格。
一、传染性疾病相关指标异常
若入职体检中发现患有如病毒性肝炎且处于活动期等具有较强传染性的疾病，可能判定为不合格。因为这类疾病可能会在工作环境中传播，影响他人健康以及工作的正常开展。比如乙肝大三阳患者，其体内乙肝病毒复制活跃，具有较强传染性，一般不符合入职健康要求。
二、重要脏器功能严重异常
像心脏方面，心电图显示严重心律失常且无法通过进一步调整改善；或者肺部存在严重病变，如严重的肺结核且处于活动期，影响正常呼吸功能等情况，会被判定为入职体检不合格。因为重要脏器功能异常会影响员工在工作中的体力和耐力等表现，无法胜任正常工作任务。
三、血常规等指标严重异常
血常规中白细胞、红细胞、血小板等指标严重偏离正常范围且原因不明。例如白细胞异常升高且伴有发热等感染症状不明确的情况，或者红细胞严重贫血无法通过简单纠正改善的情况，可能意味着身体存在较严重的基础疾病，不符合入职健康要求。
四、血压严重异常
血压严重超出正常范围，如收缩压持续高于180mmHg或舒张压持续高于110mmHg，这种情况下身体处于高血压危象等严重状态，无法适应正常工作的体力和精神压力要求，会判定为入职体检不合格。对于有高血压病史的人群，如果体检时血压严重失控，也会被认定为不合格。