吃花蛤有一些禁忌需要注意。一般来说，食用花蛤时要注意选择新鲜的，避免食用未煮熟的花蛤，因为未煮熟的花蛤可能携带细菌、寄生虫等。
过敏人群需谨慎
过敏体质者： 本身属于过敏体质的人，食用花蛤后可能会引发过敏反应。比如出现皮肤瘙痒、红肿、起皮疹，甚至呼吸困难等症状。如果曾经有过食用花蛤过敏的经历，就绝对不能再吃花蛤了。特定海鲜过敏者： 有些对其他海鲜过敏的人，也可能对花蛤过敏。因为花蛤属于贝类海鲜，和其他贝类海鲜有相似的过敏原成分。
食用量要适当
一次性不宜吃太多： 即使是不过敏的人，也不能过量食用花蛤。一般建议每次食用量控制在100克 - 150克左右。吃太多花蛤可能会引起消化不良，出现腹痛、腹泻等症状。因为花蛤含有一定量的蛋白质等成分，过量食用会加重胃肠道的消化负担。烹饪方式影响食用量： 如果是采用油炸等方式烹饪的花蛤，相对来说更不容易消化，那食用量就更要减少。而清蒸的花蛤相对容易消化些，但也不能毫无节制地吃。
存储与卫生方面
存储不当不能吃： 花蛤如果存储不当，比如放在温度较高的环境中时间过长，就容易变质。变质的花蛤会产生有害物质，食用后会对身体造成损害。所以购买回来的花蛤要尽快食用，若要保存，应放在冰箱冷藏，且最好在1 - 2天内吃完。处理不卫生别吃： 在处理花蛤的时候，要确保干净卫生。如果花蛤没有清洗干净，表面残留有泥沙等杂质，食用后可能会刺激胃肠道，引起不适。所以在烹饪花蛤前，要反复用清水冲洗，把花蛤内部的泥沙等吐干净。