甲状腺乳头状癌的复发率一般在10%~20%左右。不过，复发率会受到多种因素影响。
影响复发率的病理因素
肿瘤大小方面： 肿瘤直径小于1厘米的甲状腺乳头状癌，复发率相对较低，可能在5%左右；而直径大于4厘米的肿瘤，复发风险明显升高，复发率能达到15%以上。是否有淋巴结转移： 没有淋巴结转移的患者，复发率通常在10%以下；如果存在区域淋巴结转移，复发率会上升到15% - 20%；要是出现远处淋巴结转移，复发几率还会进一步提高。
治疗相关影响因素
手术切除情况： 完整切除肿瘤的患者，复发率较低，可能在10%以内；如果肿瘤切除不彻底，有残留的情况，复发率会显著增加，能达到20%甚至更高。是否进行碘 - 131治疗： 术后进行规范碘 - 131治疗的患者，复发率比不进行该治疗的患者低。比如，进行了碘 - 131治疗的患者，复发率可能在8%左右，而未进行的可能在15%以上。
患者自身因素影响
年龄因素： 年轻患者（小于45岁）相对年长患者（大于45岁）复发率稍低，年轻患者复发率大概在12%左右，年长患者可能达到18%。激素水平影响： 女性患者如果处于雌激素水平较高的时期，相对来说复发率可能会有一定波动，但总体来说，激素水平对复发率的影响不是绝对主导的，但也有研究显示，雌激素水平高可能在一定程度上影响肿瘤细胞的生物学行为，不过具体的影响幅度还需要更多研究明确，但可以确定的是，它是影响复发率的一个患者自身因素。