三天吃了两次紧急避孕药可能会对身体造成多种危害。一般来说，紧急避孕药一个月经周期内通常建议服用不超过1次，一年内不超过3次，短时间内频繁服用危害较大。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药含有大量孕激素，会打乱体内激素平衡，很可能导致月经周期紊乱。比如原本规律的月经，可能会出现提前、推迟或者月经量异常的情况。一般在服药后的1 - 2个月内，这种月经紊乱的现象可能比较明显，有的女性可能会出现月经提前1周甚至更久，或者月经推迟不来的情况。经期不适加重： 部分女性本身经期就有轻微不适，频繁服用紧急避孕药后，可能会使经期的腹痛、腰酸等不适症状加重。有的女性原本经期只是有轻微下腹坠胀，服药后可能会感觉腹痛明显加剧。
对内分泌系统的影响
激素水平波动大： 紧急避孕药会引起体内雌激素和孕激素水平的大幅波动。频繁服用会让这种波动更加剧烈，长期下去可能会影响卵巢的正常功能。例如，可能会干扰卵巢正常的排卵周期，影响卵泡的发育和排出，进而影响正常的生殖功能。内分泌失调相关症状： 内分泌失调还可能带来一些其他症状，像皮肤状态变差，出现长痘痘、皮肤暗沉等情况。因为激素水平的不稳定会影响皮脂腺的分泌等，从而导致皮肤问题。有的女性还可能出现情绪波动较大，容易焦虑、抑郁等情况，这也是内分泌失调对神经系统产生影响的一种表现。
对肠胃道的影响
肠胃不适反应： 紧急避孕药可能会刺激肠胃，三天吃两次会加重这种刺激。很多人服用后会出现恶心、呕吐的症状，有的女性服药后几小时内就会感觉恶心，严重的可能会呕吐。还有些人会有腹痛、腹泻的情况，影响正常的消化功能，导致食欲下降等问题。肠胃功能紊乱风险： 频繁刺激肠胃可能会引发肠胃功能紊乱，影响营养物质的吸收。长期下去可能会导致身体营养不良等情况，因为肠胃功能紊乱会使食物不能被很好地消化和吸收，影响对蛋白质、维生素等营养成分的摄取。