核磁共振是利用人体内H质子在磁场和射频场中被激发产生的共振信号，经计算机放大，图像处理和重建后得到磁共振成像，所以在核磁共振检查时，患者是被置于磁场中接受一系列的脉冲打乱组织内的质子运动，它是没有x光线的辐射副作用。
缺点就是磁场的声音比较大，有嗡嗡嗡的响声，但一般是可以忍受的，还有在做核磁时光线比较暗，有幽闭恐惧恐症的患者有一定的禁忌，在做核磁时，要求患者不能乱动，有躁动不安，不自主运动或有癫痫的患者要使用镇静药物才能进行。
在做核磁共振时，患者在很强的磁场中，所以身上不能带有任何金属东西，如项链，耳环及女士的胸罩等等。特别要注意的是有金属瓣膜，金属起搏器，金属假牙及金属支架等身体带有金属物质都不能做核磁。
一方面图像不清楚，另一方面会对患者身体造成一定的危害。