中枢神经系统疾病是一个非常广义的概念，神经系统包括中枢神经系统和周围神经系统，其中中枢神经系统指大脑、小脑、脑干以及其向下延伸的脊髓，所以脑和脊髓的疾病都属于中枢神经系统疾病。
比较常见的是脑血管病，脑血管病一般是指脑梗死、脑出血，其中脑梗死又称为脑血栓，它包括脑血栓形成和脑栓塞，还有脑出血在民间一般称为脑溢血。
其它还有常见的中枢神经系统变性疾病，比如老年痴呆，也就是阿尔茨海默病。 还有中枢神经系统感染性疾病指各种类型的脑炎、脑膜炎，最常见病毒性脑炎、结核性脑膜脑炎、化脓性脑膜炎等，相对少见的有中枢神经系统脱髓鞘疾病，比如多发性硬化、视神经脊髓炎。
还有运动障碍性疾病，常见的有帕金森病，少见的有肝豆状核变性、亨廷顿舞蹈病等，此外还有癫痫功能性疾病，以及脊髓的血管病、脊髓炎、脊髓压迫症等。