肾结石患者出现腰疼主要是因为结石在泌尿系统内移动，刺激尿路黏膜，引发一系列反应导致的。当肾结石在肾盂或输尿管内移动时，会引起尿路梗阻，使得尿液排出不畅，肾盂内压力升高，从而导致腰部出现疼痛。
结石移动刺激神经引起疼痛
结石较小在尿路内移动： 当肾脏内的结石比较小的时候，它在肾盂或者输尿管内移动，会刺激尿路的黏膜神经。这种刺激会通过神经传导到大脑，让人体感觉到腰部疼痛。就像有东西在里面刮擦或者拉扯一样，会产生明显的痛感。结石较大卡顿引发疼痛： 如果结石比较大，卡在输尿管里，长时间卡顿会导致输尿管痉挛。输尿管痉挛会进一步加重局部的缺血缺氧情况，使得疼痛持续加剧，而且这种疼痛往往比较剧烈，患者会感觉腰部疼痛难忍。
炎症反应导致腰疼
结石造成尿路黏膜损伤引发炎症： 结石在尿路中移动时，会损伤尿路的黏膜。黏膜损伤后，身体的免疫系统会启动炎症反应来修复损伤。炎症反应会释放一些炎性介质，这些炎性介质会刺激周围的神经末梢，从而引起腰部的疼痛。而且炎症还会导致局部组织的水肿，进一步加重对神经的刺激，让腰疼的感觉更加明显。长期炎症刺激加重疼痛： 如果肾结石引起的炎症长期存在，会不断刺激腰部的神经和组织，使得腰疼的症状持续不缓解。即使结石没有继续移动，炎症带来的疼痛也会让患者一直感觉到腰部不适。
积水引发腰部胀痛
结石梗阻导致尿液积水： 肾结石如果堵塞了输尿管，就会阻碍尿液从肾脏排到膀胱。尿液无法正常排出，就会在肾脏内积聚，形成肾积水。肾积水会使肾脏体积增大，包膜受到牵拉，从而引起腰部的胀痛感。一般来说，肾积水越严重，腰部胀痛的感觉就越明显。积水影响肾脏功能间接加重腰疼： 长期的肾积水还会影响肾脏的正常功能。肾脏功能受损后，身体的内环境平衡被打破，也会间接导致腰部出现不适或者疼痛。而且肾脏功能的损害可能会引发一系列其他的身体反应，进一步加重腰疼的程度。