停经48天B超看不到孕囊，可能与以下因素有关。
1.受孕时间较短：虽然停经48天，但实际受孕时间可能较短，孕囊还未发育到可以通过B超看到的程度。可以在医生的指导下，过几天再进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：如果孕囊着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢等，B超也可能看不到孕囊。宫外孕是一种危险的情况，可能导致大出血等并发症，需要及时就医，进行进一步的检查和治疗。
3.生化妊娠：指精子和卵子结合后，没有成功在子宫内着床，随着月经一起流产的现象。虽然验孕棒或早孕试纸显示怀孕，但实际上并没有怀孕成功。
4.其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫病变，也可能影响孕囊的着床和发育，导致B超看不到孕囊。此外，内分泌失调、免疫系统问题等也可能导致受孕困难或孕囊发育异常。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，医生会根据具体情况进行综合判断，并制定相应的处理方案。如果对检查结果有疑问或担忧，建议及时与医生沟通，了解更多信息。同时，要保持良好的心态，注意休息和营养，遵循医生的建议进行进一步的检查和治疗。