子宫收缩引起的疼痛
无痛人流第三天肚子疼可能是子宫收缩导致的。子宫在术后需要通过收缩来恢复到原来的大小，这种收缩痛一般是阵发性的，尤其是在术后的前几天比较明显。研究表明，大多数女性在人流术后会经历子宫收缩引起的腹痛，这是身体恢复的正常生理过程，一般会随着时间推移逐渐减轻。不同年龄的女性可能对这种疼痛的感受有所不同，但总体来说都是子宫恢复的表现。
宫腔积血或残留
宫腔积血：如果手术过程中止血不彻底，或者子宫收缩欠佳，可能会导致宫腔积血，从而引起肚子疼。积血刺激子宫会引起宫缩，进而导致腹痛，这种腹痛可能会比较持续，而且可能伴有阴道流血量增多等情况。通过超声检查可以发现宫腔内有液性暗区等积血表现。
宫腔残留：要是宫腔内有妊娠组织残留，也会刺激子宫引起收缩，出现肚子疼的症状，同时可能伴有阴道不规则流血。超声检查可发现宫腔内有异常回声团块。对于不同年龄的女性，尤其是有多次人流史等情况的女性，宫腔残留的风险相对较高。
感染因素
术后感染：如果术后不注意个人卫生，或者过早进行性生活等，可能会引起宫腔感染。感染会导致子宫内膜炎、盆腔炎等，炎症刺激会引起肚子疼，还可能伴有发热、阴道分泌物异常等表现。不同生活方式的女性，比如不注意外阴清洁等生活方式的女性，感染风险更高。对于有基础病史的女性，如本身有阴道炎等妇科疾病的女性，术后感染的可能性也会增加。
个体差异
不同女性对疼痛的耐受程度不同，所以对于肚子疼的感受也不一样。年轻女性可能相对对疼痛比较敏感，而年龄稍大一些的女性可能相对耐受度有所不同。同时，每个人的身体恢复状况不同，也会导致肚子疼的表现和持续时间有所差异。比如身体基础状况较好的女性，可能子宫恢复快，肚子疼的情况相对较轻且恢复快；而身体基础状况较差的女性，可能恢复相对较慢，肚子疼的时间可能会更长一些。