慢性结直肠炎的用药需根据具体病情来定，一般常用药物有氨基水杨酸制剂等。比如柳氮磺吡啶，它是治疗轻、中度慢性结直肠炎的常用药物之一，能在肠道分解出5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪：有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等局部用药形式。口服美沙拉嗪能作用于肠道炎症部位，减轻炎症反应；栓剂和灌肠剂可直接作用于结直肠病变部位，对于病变局限在直肠或乙状结肠的患者较为适用。
糖皮质激素药物
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度患者可考虑使用。泼尼松属于全身性糖皮质激素，能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等，所以需要在医生严密监测下使用。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳、病情反复以及激素依赖的患者。硫唑嘌呤通过抑制免疫系统的活性来减轻肠道炎症，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能见到明显效果，且使用过程中需要监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。
微生态制剂
双歧杆菌四联活菌片：可以调节肠道菌群平衡，辅助治疗慢性结直肠炎。肠道菌群失调可能与慢性结直肠炎的发生发展有关，补充双歧杆菌等有益菌有助于恢复肠道正常菌群环境，改善肠道功能。不过微生态制剂一般不能替代主要的抗炎等治疗药物，可作为辅助治疗手段。同时，在储存微生态制剂时要注意冷藏保存，以保证活菌的活性。