脑干是颅内最重要的结构位置比较深，一旦出血病情危重手术创伤和风险较大，手术方式有两种，一种是开颅血肿清除，另外一种是微创穿刺血肿碎吸术。
开颅手术具体的手术入路要根据脑干出血部位决定，中脑出血可以采取颞下入路；桥脑出血可以采取耳后乙状窦后入路；延髓出血可以采取后正中入路；
微创穿刺血肿碎吸术是在CT引导下，通过最近的路径用穿刺硬针穿刺至脑干血肿部位抽吸血肿。开颅血肿具有完全清除血肿、直视下止血、止血可靠等优点，但创伤较大；
微创穿刺血肿碎吸术不开颅创伤较小，但不能完全清除血肿，不能在直视下止血术后容易再次出血。