儿童软疣可通过局部治疗等方法除根，一般可以采用疣体夹除术等方式。通常疣体夹除术是比较直接的方法，医生会用镊子将软疣小体完全夹除，然后外涂碘酊等预防感染，这个过程相对简单。
局部治疗方法
疣体夹除术：这是比较常用的方法，医生会用专门的器械将软疣的疣体逐个夹破，挤出内容物，然后外涂2%碘酊等，防止感染。一般操作比较直接，能较快去除可见的软疣。冷冻治疗：利用低温使软疣组织坏死脱落。医生会用液氮等冷冻剂接触疣体，不过对于儿童来说，操作时要注意控制冷冻的时间和范围，避免冻伤周围正常皮肤。
日常护理要点
保持皮肤清洁：儿童要注意保持长软疣部位的皮肤清洁卫生，每天可以用温水清洗患处，但要避免过度搓洗。比如洗澡时轻柔清洗，防止疣体破损加重感染。避免搔抓：要告诫儿童不要用手搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒传播到其他部位，引起新的软疣生长。例如，如果搔抓了一个软疣，手上可能沾染病毒，再接触其他皮肤就可能长出新的软疣。
预防复发措施
增强免疫力：让儿童保证充足的睡眠，合理饮食，多摄入富含维生素等营养物质的食物，像新鲜的蔬菜、水果等，有助于提高儿童的免疫力，减少软疣复发的可能。一般建议儿童每天保证10 - 12小时左右的睡眠时间，饮食均衡。注意公共卫生：在公共泳池、浴场等场所，要注意个人卫生，避免接触可能被软疣病毒污染的物品。因为软疣病毒可以通过接触传播，所以在公共环境中要格外注意。