先天性心脏病的手术费用差异较大，一般简单的先天性心脏病手术费用大概在3~5万元，复杂的先天性心脏病手术费用可能会达到10万元甚至更高。
手术方式影响费用
简单先天性心脏病手术： 像房间隔缺损、室间隔缺损等简单类型的先天性心脏病，手术相对较为常规，费用一般在3万 - 5万元左右。这类手术操作相对简便，手术时间较短，术后恢复相对较快。复杂先天性心脏病手术： 若患者是法洛四联症等复杂先天性心脏病，手术难度大，需要更精细的操作和更复杂的器械等，费用通常会明显升高，可能在10万 - 20万元甚至更高。因为手术中可能需要用到特殊的材料，术后监护时间也相对较长，医疗成本增加。
医院等级影响费用
三甲医院： 大城市的三甲医院，医疗设备先进，专家资源丰富，但相对来说手术费用会高一些。一般复杂先天性心脏病在三甲医院的手术费用可能会达到15万以上。因为三甲医院的各项成本较高，包括人员薪酬、设备维护等。县级医院： 县级医院的手术费用相对较低，简单先天性心脏病手术可能在2万 - 4万元左右。不过县级医院的医疗设备和专家资源相对三甲医院会少一些，手术复杂程度也有一定限制。
地区差异影响费用
经济发达地区： 比如北京、上海等经济发达地区，整体医疗费用水平较高，先天性心脏病手术费用也会相应偏高。复杂先天性心脏病在这些地区的手术费用可能会超过20万元。因为当地的物价水平、医疗成本等都比较高。经济欠发达地区： 在一些经济欠发达地区，先天性心脏病手术费用相对较低，简单手术可能在2万 - 3万元左右。但可能在医疗技术的先进性和术后康复的配套服务等方面相对经济发达地区会有一定差距。