肛门疼痛的原因有多种。其中，肛裂是常见原因之一，通常是由于大便干结，排便时撑裂肛管皮肤引起，患者在排便时会有剧烈疼痛，便后还可能有短暂缓解后再次疼痛的情况，且可能伴有便血。
肛肠疾病导致
痔疮： 内痔脱出嵌顿、外痔血栓形成等都可引起肛门疼痛。比如血栓性外痔，患者肛门处可摸到暗紫色圆形肿物，疼痛较为剧烈，尤其在行走、坐立时明显。肛周脓肿： 多因肛腺感染引起，会出现肛门持续疼痛，且逐渐加重，病变处有红肿、压痛，严重时可伴有发热等全身症状，脓肿形成后按压有波动感。
感染因素引发
肛窦炎： 肛窦受细菌感染发炎，会出现肛门部坠胀感、疼痛，排便时因粪便刺激肛窦，疼痛可加重，还可能伴有少量黏液便。直肠炎： 炎症刺激直肠黏膜，也会导致肛门疼痛，同时可能伴有腹泻、黏液便或脓血便等症状，病情严重时疼痛会较为明显。
神经精神因素影响
阴部神经官能症： 患者会自觉肛门部疼痛，但检查时往往无明显的器质性病变。这种疼痛可能与精神紧张、焦虑等因素有关，情绪波动时疼痛可能会加重。
其他因素导致
外伤： 肛门部受到外来的外伤，如异物损伤、粗暴的肛门检查等，会引起肛门疼痛，一般有明确的外伤史可寻。肛门直肠肿瘤： 晚期肛门直肠肿瘤侵犯周围组织或神经时，也可导致肛门疼痛，同时可能伴有大便习惯改变、便血、消瘦等症状。