尿道疼可能由多种原因引起。比如泌尿系统感染就是常见原因之一，像尿道炎，女性尿道短而直，更容易发生尿道炎，大约有30%的女性在一生中会至少患一次尿道炎。
泌尿系统感染导致
尿道炎： 除了女性易患外，男性如果不注意个人卫生等也可能引发。细菌等病原体侵入尿道，会导致尿道黏膜充血、水肿，从而引起疼痛，还可能伴有尿频、尿急等症状。膀胱炎： 除了有尿道疼外，还可能出现下腹部疼痛，尿液可能会浑浊，甚至有血尿情况。一般是细菌从尿道上行感染到膀胱引起的。
尿道结石引起
结石刺激： 尿道内如果有结石，结石会摩擦尿道黏膜，导致尿道疼。结石较小的时候可能会随着尿液移动，疼痛可能会比较剧烈，呈刺痛感。而且结石还可能影响尿液的排出，导致排尿困难等情况。
性传播疾病所致
淋病： 主要通过性接触传播，感染淋病奈瑟菌后，尿道会出现红肿、疼痛，尿道还会有脓性分泌物排出，一般在感染后2 - 10天左右发病。衣原体或支原体感染： 也可通过性接触传播，感染后尿道会有瘙痒感、刺痛感，尿道口可能会有少量稀薄的分泌物。
外伤因素导致
外力撞击： 如果尿道受到外力撞击，比如会阴部受到磕碰等，会导致尿道组织损伤，引起尿道疼。这种情况一般有明确的外伤史，受伤部位可能会有肿胀等表现。