子宫附件囊肿形成原因较多，其中生理性因素较为常见，比如在月经周期中，部分女性会出现黄体囊肿，一般月经干净后复查，有一定概率自然消失。
内分泌因素
激素失衡影响：女性体内的雌激素、孕激素等激素平衡对生殖系统正常功能至关重要。当激素分泌出现紊乱时，就可能引发附件囊肿。例如，长期处于精神压力大、作息不规律的状态下，会干扰内分泌，使得卵巢的正常排卵及激素分泌受到影响，增加附件囊肿形成风险。
炎症刺激
盆腔炎症牵连：盆腔内的炎症，像输卵管炎、卵巢炎等，如果没有得到及时有效的治疗，炎症长期刺激附件部位，会导致组织增生、渗出等，进而形成囊肿。比如盆腔炎急性发作时没有彻底治愈，转为慢性炎症，就容易引发附件囊肿。而且有过宫腔操作史，如人工流产、清宫等，增加了感染几率，也会提高炎症相关附件囊肿的发生可能。
子宫内膜异位症累及
异位内膜生长：子宫内膜异位症是指具有活性的子宫内膜细胞种植在子宫以外的位置。当异位的内膜种植在卵巢等附件部位时，随着月经周期变化，异位内膜会出血、增生，逐渐形成囊肿，这类囊肿通常被称为巧克力囊肿。据统计，约有一部分子宫内膜异位症患者会伴发附件囊肿。而且子宫内膜异位症具有复发性，即使经过治疗，仍有一定的复发可能，从而导致附件囊肿反复出现。