三个月的宝宝体检主要检查以下几个方面：
1.身体检查
体重：测量宝宝的体重，了解其生长发育情况。
身高：测量宝宝的身高，评估其身体发育情况。
头围：测量宝宝的头围，了解其头部发育情况。
心肺听诊：检查宝宝的心肺功能，听心肺有无杂音。
腹部触诊：检查宝宝的腹部，了解腹部有无肿块等异常。
皮肤检查：检查宝宝的皮肤，有无皮疹、黄疸等异常。
外生殖器检查：检查男宝宝的外生殖器，了解其发育情况。
2.神经运动检查
握持反射：检查宝宝的握持反射，了解其神经反射情况。
踏步反射：检查宝宝的踏步反射，了解其神经运动发育情况。
俯卧抬头：检查宝宝的俯卧抬头情况，了解其颈部肌肉发育情况。
追视能力：检查宝宝的追视能力，了解其视力发育情况。
追听能力：检查宝宝的追听能力，了解其听力发育情况。
3.实验室检查
血常规：检查宝宝的血常规，了解其是否有贫血、感染等情况。
尿常规：检查宝宝的尿常规，了解其泌尿系统发育情况。
肝功能：检查宝宝的肝功能，了解其肝脏功能情况。
乙肝五项：检查宝宝的乙肝五项，了解其是否有乙肝感染。
听力筛查：对宝宝进行听力筛查，了解其听力情况。
以上是三个月宝宝体检的主要内容，具体检查项目可能会因医院和地区的不同而有所差异。体检时，家长应携带宝宝的相关资料，如出生证明、疫苗接种本等，并如实告知宝宝的健康状况和喂养情况。体检后，医生会根据宝宝的体检结果给出相应的建议和指导。