孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性孕酮低常见于黄体功能不全，据相关研究，约有30%左右的孕酮低是因为黄体功能不足导致的。
内分泌系统因素
卵巢功能异常：卵巢是分泌孕酮的重要器官，如果卵巢出现问题，比如卵巢储备功能下降，会影响孕酮的分泌。例如，随着年龄增长，女性35岁以后卵巢功能逐渐走向衰退，就可能出现孕酮分泌减少的情况。下丘脑 - 垂体功能紊乱：下丘脑和垂体分泌的激素会调节卵巢功能进而影响孕酮水平。当下丘脑 - 垂体功能出现紊乱时，会导致促性腺激素分泌异常，从而影响孕酮的正常分泌。比如长期精神压力大、焦虑等情况，可能会干扰下丘脑 - 垂体的正常功能，引起孕酮低。
疾病因素
甲状腺功能减退：甲状腺功能减退会影响身体的代谢和内分泌功能。研究发现，约10% - 15%的甲状腺功能减退患者会伴有孕酮低的情况。因为甲状腺激素参与身体多种生理过程的调节，甲状腺功能减退时会间接影响孕酮的分泌。多囊卵巢综合征：患有多囊卵巢综合征的女性，其内分泌系统紊乱，卵巢排卵异常，也容易出现孕酮低的现象。这类患者往往存在高雄激素血症等问题，会干扰孕酮的正常合成与分泌。
其他因素
生活方式影响：长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响内分泌平衡。有调查显示，长期熬夜的女性比作息规律的女性孕酮低的概率要高约20%。因为熬夜会打乱身体的生物钟，影响激素的正常分泌节律。药物影响：某些药物也可能导致孕酮低。比如长期服用一些抗癫痫药物等，这些药物可能会干扰体内激素的代谢过程，进而影响孕酮水平。