不明原因低烧可能涉及多种疾病，其中较为常见的三大疾病有结核病、自身免疫性疾病、慢性感染性疾病。一般来说，结核病是由结核分枝杆菌引起的，约1/3的全球人口感染过结核分枝杆菌，其中部分人可能因免疫力下降等因素引发发病出现低烧等症状；自身免疫性疾病是机体免疫系统错误攻击自身组织器官导致的，这类疾病有多种类型；慢性感染性疾病则是由一些持续存在的病原体感染引起。
结核病相关情况
结核分枝杆菌感染： 结核病患者除了低烧，还可能伴有咳嗽、咳痰，甚至咯血等症状。结核菌素试验（PPD试验）是常用的筛查方法之一，若PPD试验强阳性，需高度怀疑结核病。胸部X线或CT检查可发现肺部结核病灶等异常。特殊人群提示： 老年人、糖尿病患者等免疫力低下人群更容易感染结核分枝杆菌出现不明原因低烧，因为他们的身体抵抗力相对较弱，难以抵御结核杆菌的侵袭。
自身免疫性疾病相关情况
系统性红斑狼疮： 这是一种常见的自身免疫性疾病，患者会出现低烧，还可能有面部红斑、关节疼痛等表现。实验室检查可发现抗核抗体等自身抗体阳性。一般通过临床表现结合多项血液检查指标来综合判断是否为系统性红斑狼疮。类风湿关节炎： 患者也常出现低烧情况，同时伴有关节肿胀、疼痛、畸形等症状。类风湿因子等相关抗体检查有助于诊断类风湿关节炎，而且病情活动时相关炎症指标会升高。
慢性感染性疾病相关情况
慢性肾盂肾炎： 这是泌尿系统的慢性感染性疾病，患者可能有低烧，还会出现尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状，反复尿常规检查可发现白细胞等异常，尿细菌培养可能会培养出致病菌。慢性胆囊炎： 胆囊的慢性感染也可能导致不明原因低烧，患者常有右上腹隐痛、腹胀等表现，腹部B超检查可发现胆囊壁增厚等胆囊炎征象，若合并感染时可能出现低烧情况。