长期吃雌激素可能会带来一些副作用。一般来说，长期服用雌激素可能增加患某些疾病的风险等。
对乳腺的影响
增加乳腺增生风险：长期服用雌激素可能会使乳腺组织受到刺激，增加乳腺增生的发生几率。有研究发现，长期服用雌激素超过5年的女性，乳腺增生的发生率比未服用者明显升高。增加患乳腺癌风险：虽然不是所有长期吃雌激素的人都会患乳腺癌，但有数据显示，长期大剂量服用雌激素超过10年的女性，患乳腺癌的风险会有所上升。
对子宫的影响
引发子宫出血：长期吃雌激素可能会导致子宫内膜过度增生，进而引起子宫异常出血。部分女性在长期服用雌激素后，会出现不规则的阴道流血情况。增加子宫内膜癌风险：子宫内膜在雌激素的长期刺激下，发生癌变的可能性会增加。有资料表明，长期无对抗性地服用雌激素，子宫内膜癌的发病风险比正常女性高出数倍。
对代谢的影响
影响血脂代谢：长期吃雌激素可能会使血脂发生变化，导致胆固醇、甘油三酯等血脂指标异常。例如，可能会引起低密度脂蛋白升高，高密度脂蛋白降低，不利于心血管健康。影响糖代谢：部分女性长期服用雌激素后，可能会出现胰岛素抵抗，影响糖代谢，增加患糖尿病的风险。有研究发现，长期服用雌激素的人群中，糖尿病的发生率比正常人群有所提高。
对心血管系统的影响
升高血压风险：长期吃雌激素可能会对血管产生影响，导致血压升高。有临床观察发现，长期服用雌激素的女性，高血压的发生率较未服用者有所增加。影响凝血功能：雌激素可能会影响血液的凝血因子，使血液处于高凝状态，增加血栓形成的风险，如增加静脉血栓的发生几率等。