深呼吸时肚子右侧疼可能是肝脏、胆囊、阑尾、右侧结肠、右侧腹肌及肋软骨等部位病变引起，也可能是胸部或腹部其他部位病变牵涉导致。具体分析如下：
1.肝脏和胆囊疾病：如肝炎、肝脓肿、胆囊炎、胆结石等，炎症或其他病变刺激肝包膜或胆囊，可引起深呼吸时肚子右侧疼。
2.阑尾病变：如阑尾炎，可导致右下腹疼痛，深呼吸时疼痛可能会加重。
3.右侧结肠疾病：如克罗恩病、肠易激综合征、溃疡性结肠炎等，可引起右下腹疼痛，深呼吸时可能会加重。
4.右侧腹肌及肋软骨病变：如外伤、肌肉劳损、肋软骨炎等，可导致右侧腹部肌肉疼痛，深呼吸时疼痛可能会加重。
5.胸部或腹部其他部位病变牵涉：如胸膜炎、肺炎、心肌梗死等，也可能会引起右侧腹部牵涉性疼痛。
此外，女性患者还需要考虑右侧附件炎、右侧输尿管结石等疾病。
如果出现深呼吸时肚子右侧疼的症状，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、腹部超声、CT等，以明确病因，并进行针对性治疗。在治疗期间，患者需要注意休息，避免剧烈运动和劳累，同时需要注意饮食，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。