卵巢囊肿的检查方法有多种，常见的包括超声检查，这是常用的初步检查手段，一般通过B超就可初步判断卵巢囊肿的大小、位置等情况，准确率较高。
超声检查：
经腹部超声： 检查前需适度充盈膀胱，让膀胱作为透声窗，清晰显示盆腔内结构，能发现直径1 - 2厘米左右的囊肿，不过对于一些位置较深或较小的囊肿，可能显示不够清晰。经阴道超声： 分辨率更高，不需要憋尿，能更清楚地观察卵巢及囊肿情况，尤其适合肥胖女性或盆腔深部病变的检查，可发现直径0.5厘米左右的小囊肿。
磁共振成像（MRI）检查：
优势： MRI对软组织的分辨率高，能更准确地判断囊肿的性质，区分囊性、实性以及囊内成分等情况。比如可以明确囊肿是单纯性囊肿还是有复杂成分的囊肿，但一般不作为首选检查，多在超声等检查难以明确诊断时使用。注意事项： 体内有金属植入物（如心脏起搏器等）的患者不能做MRI检查。
腹腔镜检查：
适用情况： 对于超声、MRI等检查仍难以明确诊断，或者考虑需要手术治疗的卵巢囊肿患者，可进行腹腔镜检查。它不仅能直接观察卵巢囊肿的外观、形态等，还能在必要时取组织进行病理活检，以明确囊肿是良性还是恶性。不过这是有创检查，相对费用较高，也有一定的手术风险。
肿瘤标志物检查：
CA125： 卵巢上皮性癌患者血清CA125水平常升高，尤其是浆液性囊腺癌。但一些良性疾病如盆腔炎、子宫内膜异位症等也可能导致CA125轻度升高。AFP： 甲胎蛋白，对卵巢内胚窦瘤有特异性价值，若AFP升高，结合超声等检查可辅助诊断内胚窦瘤。HCG： 对于卵巢绒癌有特异性，HCG水平会升高。不过肿瘤标志物检查只是辅助诊断手段，不能单独依靠它来确诊卵巢囊肿的性质。