幽门螺旋杆菌三联疗法和四联疗法的主要区别在于用药种类的不同。
三联疗法是指质子泵抑制剂（PPI）+两种抗生素，常用的PPI有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等，抗生素有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星等。
四联疗法是指质子泵抑制剂（PPI）+铋剂+两种抗生素，常用的PPI有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等，铋剂有枸橼酸铋钾、果胶铋等，抗生素有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星等。
需要注意的是，三联疗法和四联疗法的疗程均为7~14天。在治疗期间，应注意饮食卫生，避免交叉感染。此外，儿童、孕妇、哺乳期妇女以及患有其他疾病的患者，应在医生的指导下使用药物。