疱疹性咽峡炎主要是由肠道病毒引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒A组的2-6型、8型、10型等，还有埃可病毒也可引发。据相关研究，肠道病毒感染引发的疱疹性咽峡炎占比较高，约90%左右是由这类病毒导致。
病毒传播途径：
接触传播： 可以通过直接接触患者的口鼻分泌物、疱疹液等而被感染。比如在幼儿园、学校等集体场所，儿童之间近距离接触，很容易因为接触到带有病毒的物品或者直接接触患者而被传染。飞沫传播： 患者在说话、咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫，周围人吸入这些飞沫后就可能被感染。例如一个孩子得了疱疹性咽峡炎，在教室里说话时喷出的飞沫，其他孩子吸入后就有被感染的风险。
易感人群特点：
儿童群体： 尤其是5岁以下的儿童更容易患上疱疹性咽峡炎。这是因为儿童的免疫系统相对尚未完全发育成熟，对肠道病毒的抵抗力较弱。像托儿所、幼儿园里的孩子，由于密切接触，病毒传播几率较高，所以这个年龄段的孩子患病的情况比较常见。免疫力低下人群： 本身免疫力低下的人，比如患有某些基础疾病、长期使用免疫抑制剂等的人，相比免疫力正常的人更容易感染肠道病毒引发疱疹性咽峡炎。例如一些患有艾滋病的患者，他们的免疫力严重受损，就比常人更易感染相关病毒导致发病。
环境因素影响：
卫生条件较差环境： 当所处环境的卫生条件比较差时，肠道病毒更容易存活和传播。比如一些通风不良、人员密集且卫生清洁不到位的场所，病毒容易在空气中和物体表面存活，增加了感染的机会。季节因素： 疱疹性咽峡炎在夏秋季相对更易流行。这是因为夏秋季气温较高，适合肠道病毒的繁殖和传播，而且这个时期儿童户外活动增多，接触病毒的机会也相应增加。比如在7 - 8月份，医院里接诊疱疹性咽峡炎患儿的数量往往会比其他月份多一些。