清理扁桃体结石可通过多种方式，如较小的结石可尝试用清水漱口等方式，较大较顽固的可能需要就医处理。
一、自行清理方式
对于较小且较浅的扁桃体结石，可尝试用淡盐水漱口，利用水流冲击等可能将部分结石带出。但要注意力度适中，避免损伤扁桃体。
二、就医处理情况
若扁桃体结石较大、较多，自己无法有效清理，应及时就医。医生可能会使用专门的器械，如镊子等将结石取出。在医院处理时，医生会根据结石的具体情况选择合适的方法，以确保安全有效地清除结石。
三、特殊人群注意事项
儿童若出现扁桃体结石情况，家长不要自行盲目清理，应带孩子就医，因为儿童的扁桃体相对娇嫩，自行处理易造成损伤。老年人若有扁桃体结石问题，就医时要告知医生自身的基础疾病等情况，以便医生综合评估制定清理方案。
四、预防扁桃体结石的建议
日常生活中要注意保持口腔清洁，每天早晚正确刷牙，饭后漱口，避免食物残渣在扁桃体隐窝处堆积形成结石。同时，要增强身体抵抗力，合理作息，均衡饮食，减少扁桃体发炎等情况的发生，从而降低扁桃体结石形成的概率。