精神分裂症患者服药常见的副作用包括锥体外系反应，约有30% - 40%的患者在服用抗精神病药物初期会出现，主要表现为震颤、僵直、运动迟缓等。比如服用典型抗精神病药物氟哌啶醇时，更容易较早出现这类反应。
代谢方面的副作用
体重增加： 部分患者服用抗精神病药物后会出现体重明显增加的情况，可能在几个月内体重增加10公斤以上。这是因为药物会影响人体的代谢功能，导致食欲增加、脂肪重新分布等。血糖升高： 有相当一部分患者服药后会出现血糖升高的现象，严重的可能发展为糖尿病。据统计，长期服用某些抗精神病药物的患者，糖尿病发生率比普通人群高出数倍。药物会干扰胰岛素的分泌和作用，使血糖调节失衡。
神经系统方面的其他副作用
嗜睡： 很多患者服用抗精神病药物后会感到困倦、嗜睡，影响日常生活和工作效率。有些药物如氯氮平，引起嗜睡的概率相对较高，可能每天睡眠时间较服药前明显延长。头晕： 部分患者会出现头晕的症状，尤其是在刚开始服药或者调整药物剂量的时候。头晕可能会影响患者的平衡感，增加跌倒的风险。
内分泌系统方面的副作用
月经紊乱： 女性精神分裂症患者服用抗精神病药物后，容易出现月经紊乱的情况，表现为月经周期不规律、月经量改变等。这是因为药物影响了体内的内分泌激素水平，干扰了下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能。泌乳素升高： 不少患者服药后会出现血清泌乳素水平升高的情况，男性可能表现为乳房发育、性功能减退等，女性可能出现溢乳、闭经等症状。这是由于药物抑制了垂体泌乳素的调节机制。