月经推迟肚子疼可能由多种原因引起。一般来说，有性生活的女性首先要考虑怀孕相关情况，比如异位妊娠（宫外孕）就可能导致月经推迟且伴有肚子疼，宫外孕约占妊娠相关死亡原因的1%左右。
妊娠相关原因
异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中输卵管妊娠最常见。除了月经推迟、肚子疼外，还可能有阴道不规则流血等表现。通常在怀孕6 - 8周左右容易出现破裂等情况，导致剧烈腹痛、腹腔内出血等严重后果。宫内妊娠先兆流产：怀孕后出现月经推迟，若发生先兆流产也会有肚子疼的症状，常表现为下腹隐痛，同时可能伴有少量阴道流血，经过休息和适当治疗部分可继续妊娠，但若发展为难免流产则腹痛加剧，阴道流血增多。
月经不调因素
内分泌紊乱：长期精神压力大、生活不规律等可能引起内分泌紊乱，导致月经推迟且伴有肚子疼。比如长期熬夜的女性，约有30%左右会出现内分泌失调相关的月经问题。甲状腺功能异常也会影响内分泌，进而导致月经紊乱和腹部不适，甲状腺功能减退时可能出现畏寒、乏力、月经推迟、下腹坠胀样疼痛等表现。多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者多有月经推迟的情况，有的数月不来月经，同时可能伴有肚子疼，多为下腹隐痛或胀痛，还常伴有肥胖、多毛、痤疮等表现，约70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。
妇科疾病导致
盆腔炎：女性盆腔内生殖器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症时，会出现月经推迟，同时有下腹部疼痛，疼痛可在劳累、性交后及月经前后加重，病情严重时还可能伴有发热、寒战等症状。急性盆腔炎若治疗不及时可转为慢性盆腔炎，反复出现下腹部隐痛、月经异常等情况。子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位称为子宫内膜异位症，患者常表现为进行性加重的痛经，月经推迟时也可能出现下腹部、腰骶部疼痛，疼痛程度因人而异，有的患者疼痛剧烈影响生活和工作，还可能伴有不孕、性交痛等表现，据统计约50%的子宫内膜异位症患者伴有不孕。