机会性感染导致的多器官功能衰竭
艾滋病患者由于免疫系统遭到严重破坏，无法有效抵御外界病原体的入侵，会反复发生各种机会性感染。例如肺孢子菌肺炎，这是艾滋病患者常见的机会性感染之一，肺孢子菌会侵袭肺部，引起严重的肺炎，导致患者呼吸困难、缺氧，如果不及时治疗，会进一步引发呼吸衰竭。还有鸟分枝杆菌感染，可累及多个脏器，如肝脏、脾脏、骨髓等，造成肝肾功能损害、贫血等，最终导致多器官功能衰竭。这些机会性感染往往呈进行性发展，难以控制，是导致艾滋病患者死亡的重要原因之一。不同年龄的艾滋病患者，由于自身的生理储备不同，对于机会性感染的耐受能力也有差异，儿童患者免疫系统更为脆弱，更容易在机会性感染下迅速出现多器官功能障碍。
恶性肿瘤的侵袭
艾滋病患者易患某些恶性肿瘤，如卡波西肉瘤，这是一种起源于血管内皮细胞的恶性肿瘤，可累及皮肤、淋巴结、内脏等多个部位。随着病情进展，肿瘤不断生长扩散，会破坏相应组织和器官的结构与功能，导致器官功能逐渐丧失。另外，淋巴瘤也是艾滋病患者常见的恶性肿瘤，淋巴瘤细胞无限制增殖，侵犯重要脏器，影响脏器的正常功能，最终因肿瘤广泛转移和脏器功能衰竭而死亡。不同性别在肿瘤的发生发展上可能因激素等因素略有不同，但总体都是肿瘤对身体各系统的破坏起关键作用。生活方式不健康的艾滋病患者可能因免疫力更易受影响，加速肿瘤的进展。
神经系统病变引发的并发症
艾滋病病毒可侵犯神经系统，引起各种神经系统病变。例如艾滋病痴呆综合征，患者会出现认知障碍、运动障碍等，严重影响生活自理能力，还可能因长期卧床引发肺部感染、压疮等并发症，进一步加重病情。神经系统病变还可能导致患者出现癫痫发作等情况，癫痫发作时可能会有意外损伤，如摔伤、咬伤等，同时频繁的癫痫发作也会对脑部功能造成进一步损害，最终因神经系统功能严重受损及相关并发症而死亡。儿童艾滋病患者神经系统病变可能会影响其生长发育和智力发育，情况更为严重。