指甲盖凹陷可能是营养不良、扁平苔藓、银屑病、灰指甲、湿疹等原因所致，可以通过补充营养、药物治疗、手术治疗、抗真菌治疗、涂抹药膏等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.营养不良：可能是由于长期挑食、节食等原因导致体内缺乏维生素、钙、铁等营养物质，从而引起指甲盖凹陷。可以通过调整饮食结构，多吃一些富含维生素、钙、铁等营养物质的食物，如蔬菜、水果、肉类、蛋类、奶制品等。
2.扁平苔藓：病因尚不明确，可能与免疫、感染、内分泌、精神等因素有关。患者会出现紫红色多角形扁平丘疹，可伴有瘙痒，搔抓后可出现指甲盖凹陷。可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗。
3.银屑病：病因尚不清楚，可能与遗传、感染、免疫、内分泌等因素有关。患者会出现红斑、鳞屑、瘙痒等症状，指甲盖也可能会出现凹陷、增厚、变形等改变。可以在医生的指导下使用维生素D3衍生物、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗。
4.灰指甲：由皮肤癣菌、酵母菌及非皮肤癣菌等真菌引起的指甲感染。甲板会出现浑浊、增厚、表面凹凸不平、变色、甲板与甲床分离等症状，从而导致指甲盖凹陷。可以在医生的指导下使用抗真菌药物进行治疗，如特比萘芬、伊曲康唑等。如果指甲受损严重，还需要进行拔甲治疗。
5.湿疹：病因复杂，可能与遗传、免疫、环境等因素有关。患者会出现红斑、丘疹、水疱、瘙痒等症状，指甲盖也可能会出现点状凹陷。可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂、抗组胺药等药物进行治疗。
患者在治疗期间需要注意保持皮肤清洁，避免搔抓、摩擦患处，以免加重病情。同时，可适当食用一些富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如蔬菜、水果、肉类、蛋类、奶制品等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品、海鲜等。