化脓性脑膜炎的难治程度不能一概而论，早期规范治疗的话，部分患者可以较好恢复，但如果延误治疗或病情严重，就比较难治。比如及时治疗的话，约70%~90%的化脓性脑膜炎患儿可治愈，但也有部分患儿可能遗留神经系统后遗症。
病情严重程度影响难治性
轻症情况： 如果是病原菌毒力较弱、患儿自身抵抗力较强，且能在早期得到明确诊断并规范治疗，相对没那么难治。比如由肺炎链球菌引起的化脓性脑膜炎，早期发现并使用合适抗生素，病情控制相对较容易。重症情况： 若病原菌毒力强，像金黄色葡萄球菌引起的化脓性脑膜炎，或者患儿就诊时已出现严重并发症，如脑疝、弥漫性血管内凝血等，治疗就会非常棘手，预后也往往较差，难治程度明显增加。
治疗时机对难治性的作用
早期治疗： 发病后24小时内接受正规治疗，化脓性脑膜炎的难治性相对较低。因为早期病原菌还未对脑组织造成严重、不可逆的损伤，此时使用敏感抗生素等治疗手段，能较好地控制感染，阻止病情进一步恶化。延误治疗： 如果发病后超过48小时才开始正规治疗，病原菌已经对脑组织产生了较严重的破坏，如引起广泛的脑水肿、脑组织坏死等，治疗难度会大大增加，即使经过积极治疗，也很可能遗留智力低下、癫痫、脑积水等后遗症，难治程度大幅上升。
患儿自身状况的影响
年龄因素： 新生儿化脓性脑膜炎相对难治。新生儿免疫系统发育不完善，对病原菌的清除能力弱，而且临床表现不典型，容易被忽视，往往发现时病情已较严重，治疗过程中出现并发症的风险也更高。而年长儿如果自身基础状况较好，相对来说难治程度会低一些。基础疾病影响： 患儿本身有免疫缺陷病，如艾滋病、先天性免疫球蛋白缺乏症等，患化脓性脑膜炎后就更难治。因为自身免疫功能差，难以依靠自身免疫力来对抗病原菌，需要更复杂的治疗方案，且治疗过程中感染复发等风险增加。