中胚层疗法的副作用相对来说不是特别大，但也可能存在一些情况。一般来说，中胚层疗法常见的副作用发生率较低，但具体情况因人而异。
局部反应方面
红肿疼痛： 在进行中胚层疗法后，部分人可能会出现注射部位的轻度红肿疼痛，通常在1 - 2天内可自行缓解。这是因为药物注射到中胚层会对局部组织产生一定刺激。瘀斑： 少数人可能会出现注射部位的瘀斑，这是由于注射过程中损伤了小血管导致的，一般1 - 2周内瘀斑会逐渐消退。
全身反应方面
过敏反应： 虽然发生概率较低，但也有个别人可能对中胚层疗法所使用的药物成分过敏，出现全身瘙痒、皮疹，严重的可能会有呼吸困难等过敏症状。如果出现过敏反应，需要及时进行抗过敏治疗。发热： 极个别人在接受中胚层疗法后可能会出现低热，一般体温不会超过38.5℃，大多在1 - 2天内可自行恢复正常，可能是身体对治疗的一种轻度应激反应。
与操作相关的副作用
感染风险： 如果中胚层疗法操作环境不达标或者操作过程中无菌操作不严格，有可能导致注射部位感染，出现局部红肿热痛加重、有脓性分泌物等情况。所以选择正规的医疗机构进行中胚层疗法非常重要。不均匀效果： 由于药物注射到中胚层分布可能不太均匀，可能会导致治疗部位出现局部效果不一致的情况，比如有的区域改善明显，有的区域改善不明显，这就需要医生在操作时尽量精准注射以避免这种情况。