喝酒后头疼主要是因为酒精进入人体后，会被代谢为乙醛，而乙醛具有让血管扩张的作用，从而导致头疼，大约有20% - 30%的人喝酒后会出现头疼情况。
酒精代谢相关因素
代谢酶差异：人体内存在乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶来代谢酒精，部分人这两种酶的活性较低，酒精代谢速度慢，乙醛在体内堆积时间长，更容易引发头疼。比如约有10%的亚洲人乙醛脱氢酶基因有缺陷，代谢乙醛能力差，喝酒后更易头疼。个体敏感性不同：不同人对酒精的敏感性不一样，有些人即使少量饮酒也会因身体对酒精相关反应更敏感而出现头疼。比如有的人体质特殊，喝少量酒就会触发头部血管的异常反应导致头疼。
身体内部反应方面
刺激神经递质：酒精会影响大脑中的神经递质，如谷氨酸等，干扰神经信号传递，进而引发头疼。当酒精改变神经递质平衡时，就可能导致头部神经出现异常反应，引发疼痛感觉。引发炎症反应：喝酒后身体会出现轻度炎症反应，炎症介质的释放会刺激头部的痛觉感受器，从而导致头疼。例如体内一些炎性因子的释放会对头部组织产生刺激，引发头疼症状。
头部血管变化情况
血管扩张与收缩异常：酒精使头部血管扩张，之后可能会出现血管收缩功能紊乱，导致头疼。一开始血管扩张带来血液流量变化，随后收缩时调节不好就会引发头疼。比如大量饮酒后，头部血管先扩张，之后收缩不及时或过度收缩，就会造成头疼。影响脑血管自动调节：酒精会干扰脑血管的自动调节功能，正常情况下脑血管能根据脑的需求调节血流量，而酒精作用下这种调节失衡，导致脑部供血等出现问题，引发头疼。例如脑血管自动调节功能受影响后，脑部供血不稳定，就容易产生头疼。